El experimento descrito en el apartado anterior obligó a Rutherford a revisar el modelo de átomo que se consideraba cierto hasta ese momento, el modelo atómico de Thomson.

Básicamente el modelo de Thomson considera que los átomos están formados por esferas cargadas positivamente. En el interior de cada esfera se sumergen las cargas negativas de forma uniforme, de tal forma que el número de cargas negativas es compensa la carga positiva del átomo

Podemos comprender las razones de Rutherford para dudar de la fiabilidad del modelo de Thomson si imaginamos el experimento anterior a través del siguiente símil:

Supongamos que disparamos proyectiles contra una bala de paja de la cual no podemos ver el interior. Lo lógico es suponer que el interior de la bala es uniforme (modelo de Thomson) y que los proyectiles seguirán más o menos una línea recta. Si, después del impacto, observamos que algunos de los proyectiles se desvían de la trayectoria inicial, habrá que suponer que, en el interior de la bala de paja hay algún objeto con el que choca el proyectil (en nuestro símil sería el núcleo del átomo).

La siguiente escena ilustra este experimento. Podemos controlar el parámetro de impacto (distancia vertical medida desde la línea que une el proyectil y el centro de la bala) y si queremos ver el interior de la bala o no. Una vez fijado, al hacer clic en disparo observaremos el movimiento del proyectil.

Esta unidad interactiva requiere la máquina virtual de Java J2RE.